甲亢的自然病程約1～2年。一般來說，藥物治療方法只能控制其發展，使其順利度過自然病期，所以療程要長，需2～3年。盡管如此，輕型病人仍有25％復發，重型50％復發。復發病人治療后，再度復發率高達75％。故甲亢治療的方法選擇，療程確定，都是以如何降低復發率，提高治愈率為目的的。
復發原因：甲亢復發是指按正規治療2年以上，達到治愈標準，停藥后病情再現而言。有些病人病情時好時壞，是病情反復，不是復發。
1、最常見的原因是藥量不足，療程不夠，病情好轉就停藥，病情加重再服藥，如此反復長期不愈。
2、下列因素可誘發甲亢復發。感染：感冒、扁桃體炎、腹瀉。不幸遭遇：如外傷、車禍、親人亡故等。精神生理因素：如高考、轉學、月經期、懷孕。飲食不節：過度飲酒、吸煙，長期吃含碘較多的食物或藥品。
3、青年女性，甲狀腺3度腫大，雜音明顯，長期不消失。
4、甲狀腺功能在正規治療兩個月以上，仍達不到正常水平，特別是T4正常后T3仍持續不降者（稱T3優勢甲亢）。
5、減量期藥量較大，稍微減量，甲狀腺功能就上升。
6、有甲亢家族史，工作緊張得不到休息，或經常值夜班。
7、甲亢治愈后需要停藥時，甲狀腺功能T3（納克/毫升）/T4（微克/毫升）＞20，有87.5％的人停藥3～12個月后復發，或甲狀腺刺激抗體（TSAb）陽性者。目前認為只要TSAb陽性就不能停藥，否則極易復發。
如何治療和預防甲亢復發：
1、認真克服上述能引起甲亢復發的原因。
2、藥物治療要足量按療程服用，每月查甲狀腺功能1次，半年后每2～3個月查1次。根據癥狀和甲狀腺功能調節藥量。在治愈停藥后，最好每隔3～6個月，再服1個月的抗甲狀腺藥物維持量，同時服用甲狀腺素片，對甲亢復發者更應如此。甲狀腺素片有防復發、防突眼、防甲狀腺腫大的作用。遇有情緒波動、環境劇烈變化時，應隨時加服一個月。有條件的患者要測定TSAb，只要陽性就不可停藥。
3、輕型復發病人可以繼續用抗甲狀腺藥物治療，不過療效不及初治好，療程還需延長到3年以上。
4、甲狀腺腫大在3度以上的復發病人，最好手術治療，治愈率可達90％。若手術后再復發，輕者仍可用抗甲狀腺藥治療，但需長期服用，直到TSAb陰性再停藥。甲狀腺腫大在3度以上的病人，最好用放射性碘治療。
5、放射性碘治療，最適合于藥物、手術治療后復發的病人。若經過放射性碘治療后再度復發，因甲狀腺受到放射線損傷，組織結構發生變化，不宜再行手術治療，可用抗甲狀腺藥物治療。